为贯彻全国应急管理工作会议和全国卫生工作会议精神，总结2005年的卫生应急工作，研究部署2006年的卫生应急工作，全面推进卫生应急工作的发展，2006年3月2日-3日，卫生部在厦门召开全国卫生应急工作会议。卫生部副部长王陇德出席会议并讲话。
王陇德在会上总结了2005年卫生应急工作所取得的成就和经验：1、突发公共卫生事件应急体系初步建立。按照国务院统一部署，在各级政府的支持下，全国初步形成了卫生应急管理体系。2、突发公共卫生事件应急预案体系已经初步形成。近两年来，国务院用了组织制定了国家突发公共事件总体应急预案、专项预案和部门预案。同时，各地结合当地实际，也积极制定了相应卫生应急预案，全国突发公共卫生事件应急预案体系已经初步形成。3、部门协调机制初步建立，联防联控工作得到加强。由卫生部牵头，与31个中央、国家等有关部门建立起了突发公共卫生应急协调机制，有效加强了各部门间突发公共卫生事件的信息沟通与措施联动。4、监测预警系统不断完善，全国应急指挥与决策系统建设进程加快。目前，全国已经建立了以传染病个案报告为基础的传染病与突发公共卫生事件信息报告管理系统5、卫生应急队伍建设工作全面展开，各项卫生应急准备工作有序进行。建立了国家突发公共卫生事件专家咨询委员会、国家级卫生应急队伍和国家级突发公共卫生事件应急专家库；组织了突发公共卫生事件应急处理相关管理和专业人员的培训，组织了实战演习，为保障卫生应急队伍高效有序地开展工作奠定了基础。6、随着应急机制的不断完善，应对突发公共卫生事件的应急反应能力在不断提高。应急反应迅速及时，有效处置了各类突发公共卫生事件。7、卫生应急知识宣传积极展开。为提高医疗卫生人员及公众对突发公共卫生事件危害性的认识，掌握应对突发公共卫生事件的知识，积极开展应对突发公共卫生事件知识的宣传，提高社会大众避险、避灾、自救、互救、防范、应急能力。8、卫生应急国际交流与合作领域不断拓展。加强了与国际组织和一些国家的交流，探讨在突发公共卫生事件预测预警、应急沟通和应急处置技术等方面的合作。
王陇德指出，我国突发公共卫生事件应急机制的建设取得了长足的进展，卫生应急机制建设在突发公共卫生事件处置过程中发挥了重要的作用；但是，我们要清醒的认识到形势的严峻性和我们应对能力的不适应性，我国卫生应急机制还处在建立与完善之中，卫生应急工作中仍存在着一些问题。
王陇德对2006年的卫生应急工作进行了部署：1、明确职责、加强管理，完善卫生应急机制建设。2、依法规范、科学有序，完善卫生应急预案体系3、全员培训、加强演练，提高预防和处置突发公共卫生事件的能力。4、加强监测、完善预警，加速突发公共卫生事件指挥系统的建设。5、加强准备、完善程序，有效处置突发公共卫生事件。6、广泛宣传、协调配合，完善联防联控机制7、依靠专家、加强合作，不断提高卫生应急水平。8、贯彻精神、建立机制，有效开展反恐卫生应急工作。
王陇德强调，卫生应急工作要统筹安排，在加强突发公共卫生事件应急机制建设的同时，要重点抓好对公共卫生安全构成严重威胁的鼠疫、非典、人感染高致病性禽流感等疾病的防范和应对。要切实提高对新发传染病、不明原因疾病等突发公共卫生事件的监测和处置能力，从而有效应对重大突发公共卫生事件。
针对鼠疫防控工作，王陇德指出，2006年是实施《全国鼠疫防治“十一五”规划》的第一年，各地做好鼠疫防控工作，重点做到控制鼠疫动物疫情的扩散蔓延，防范人间病例的发生和传播。各地要制定当地的防治规划和工作计划，并结合本地区疫源地分布和近年疫情情况和防治工作实践，完善本地区的鼠疫防控预案，开展主动监测，做好应急准备，有效处置突发疫情。
针对非典防控工作，王陇德指出，要按照提高警惕、常备不懈的原则，总结非典防控经验，制定和完善非典防控应急预案和技术方案，科学规范非典监测和防控工作。协调有关部门进一步加大对野生动物市场监管和执法的力度，广泛开展健康教育。各级医疗卫生机构进一步加强对不明原因肺炎病例的监测工作，及早发现、报告、筛查不明原因肺炎病例，及时识别非典疫情，防范疫情的扩散蔓延。要指定医疗机构做好收治非典病例的准备，防止医源性感染发生和疫情扩散，切实降低病死率。
针对人感染高致病性禽流感防控工作，王陇德指出，要树立长期作战思想，科学规范防控人感染高致病性禽流感。进一步加强全国人禽流感监测网络和防控工作能力建设，完善人禽流感应急预案和防治技术方案，规范疫情防控和应急处置工作。各地应重点加强监测，提高预警能力，做好技术和物资储备，提高快速反应能力。各级卫生行政部门要建立并长期保持与畜牧兽医部门的沟通和合作机制，及时互通禽流感疫情信息，尤其要进一步加强基层部门间信息的及时、准确报告与沟通，确保人禽流感防控工作顺利进行。