一、国家的作用
宋元时期，隋唐两代兴起的国家对医药进行管理与教育模式，得到了进一步的加强与发展。
宋代的医学管理机构与教育机构是分开设立的，新设翰林医官院是管理机构，太医局则是医学教育机构，这与唐代有所不同。元代以太医院为管理机构、医学提举司为教育机构，名称虽不同，路子是一样的。
作为国家的医学教育机构，对医学的分类是整个医学技术水平的重要标志之一，成为对医学发展起促进作用的重要因素之一。
唐代的医学教育分为四科：医科、针灸科、按摩科、咒禁科，显然较为粗糙。宋代分为九科：大方脉科、风科、针灸科、小方脉科、眼科、产科、口齿咽喉科、疮肿兼折疡科、金镞书禁科，比唐代一下子多了一倍以上。元代更是增加到了十三科：大方脉科、风科、针灸科、小方脉科、眼科、产科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮肿科、杂医科、祝由科、禁科，是唐代的三倍多。
从唐代到元代，医学分科的发展速度相当之快。这种快速的发展，正说明原来的不成熟。而从元代再往后，分科的速度又趋缓，则表明了宋、元时代是从不成熟到成熟的重要时期。
医学分科的成熟与精细，对于医学人员的专门化、技术的精益化，有着重要的促进作用。
国家对医药技术发展更直接的促进措施，是国家组织编纂医药著作，主要是本草类与医方类的医书。
在本草方面，宋政府先后编撰了《开宝本草》、《嘉祐本草》、《图经本草》。此外，根据当时唐慎微私人撰修的《证类本草》三次加以重修而出版棗《大观经史证类备用本草》、《重修政和经史证类备用本草》、《绍兴校定经史证类备急本书》，成为明代李时珍《本草纲目》以前最优秀的本草类著作。
在医方方面，先后组织编纂了《神医普救方》1000卷、《太平圣惠方》100卷、《圣济总录》200卷，成为收方最多的著作。
编纂这样的大型医药书籍，一般的私人自然是无力组织进行的，而它们的作用是极其重要的。由国家组织编纂医书，其功至伟。
北宋景祐二年(公元1035年)，宋仁宗下诏编修院设置校正医书局，组织校正出版重要的医书。这是个重要的举措，对于重要医书的出版起了保证作用。
除此之外，还有一系列促进医学发展的举措。
如北宋天圣五年(公元1027年)，翰林医官院铸造了俞穴铜人两个，作为针灸教学与考试医生之用。这两个铜人的声名甚至传到了金国，以至在高宗建炎二年金宋议和时，金方居然将索要铜人作为议和的条件之一。
又如，北宋熙宁九年(公元1076年)在开封设立了太医局卖药所(又称熟药所)。接着，又陆续在各地开设和剂惠民局(简称惠民局或和剂局)。这种药局既卖药也看病，完全是现代国立医院门诊的雏形。这是一个了不起的创举，因此，元、明两代也依然采用。
在国家对医药事业的大力推动下，整个国家的大形势对医药的发展极为有利，从而为这时期的医药科学发展创造了良好的有利条件。
二、迟迟成形的法医学与艰难起步的解剖学
法医检验，是对凡有人生伤亡案件进行审理的首要而重要的步骤。
在《礼记·月令》、云梦睡虎地秦简律书中，都有临案勘察伤亡情况的记录，这是我国最早的法医萌芽状况。
法医学的起源虽早，但成形较迟。据说在北齐有徐之才的《明冤录》，是我国最早的法医学专著。但这部书不久就失传了，具体内容无从知晓，反映出法医这一学科依然没有得到应有的重视，没有成形。
但经历了千余年沧桑磨炼考验，法医学成形的时刻有幸降临在五代至北宋时期。
五代时期，和凝、和□父子联手撰著了《疑狱集》(公元951年)。
到两宋时期，这类著作犹如雨后春笋一般一下子涌现出了许多部，如无名氏的《内恕录》、郑克的《折狱龟鉴》(公元1200年)、桂万荣《棠阴比事》(公元1213年)、赵逸斋的《平冤录》、郑兴裔的《检验格目》等等。在淳祐七年(公元1247年)诞生了一部汇集众说，体系完整的法医学名著棗《洗冤录》。
《洗冤录》，又名《洗冤集录》、《宋提刑洗冤集录》，五卷，宋慈撰著。
宋慈(1186？?249)，字惠父，福建建宁建阳童游里人，嘉定十年(公元1217年)进士。宋慈长期职事政务，尤其是历任广东、江西、湖南等处提刑，对于法医学有着丰富的实践经验。
《洗冤录》卷一载《条令》等4篇，总论法医的法令原则与基本方法；卷二载《初检》等12篇，讲述各种尸体的情况与尸检方法；卷三载《验骨》等5篇，卷四载《验他物及手足伤死》等10篇，卷五载《验罪囚死》等22篇，都是讲述各种伤亡的状况与原因，以及尸体发掘、救死方法等。
宋慈对法医的重要性、法医的职责，有许多重要的论述，对法医的责任心尤其重视，强调必须不惧脏累，"审之又审，不敢萌一毫慢易心"。
宋慈指出，法医的工作程序应该是：到达现场后，先要进行对有关人员的询问，再记下尸体的位置，验看周围场所，最后进行尸检。
宋慈对于各种伤亡的鉴别极为精细、准确，对自杀、他杀、病故的区别十分精细和准确。
如，对于吊尸，宋慈指出：要仔细观察吊起的现场与被吊者颈部的情况，还有绳索的情况。要注意吊的高度、绳子的结法、上面有没有尘土、绳子是否移动过。如果是死后遭绳扎的，死尸上就没有"紫赤"、"血 "而只有"白痕"。
其他如溺死、烧死、自刑与杀伤等等，都有详细的阐述。
在书末，还附有各种救死方。如人工呼吸、用明矾蛋白解砒霜毒等等，有些至今仍在使用。
《洗冤录》是一部集大成的法医著作，既是《内恕录》等著作的经验总结，也有宋慈自己的经验心得，达到了一个相当系统而高超的水平，标志着我国古代法医学的正式形成。
在《洗冤录》问世后直到西方近现代法医学传入以前，它一直是古代中国法医学的指导性著作。在现代，《洗冤录》已经被译成荷、法、德、日、朝、英、俄等多国文字，真正成为了世界法医学宝库中的一颗明珠!
与法医事业紧密相关的是解剖尸体的工作。
在世界上许多国家与地区，尸体解剖是一件不足为奇的医学工作，对于医学的发展具有重要的作用。但在古代中国却是一个不见于明文的"禁区"，是一个不可逾越一步的"雷池"。
但历史记载在宋代有两次尸体解剖，而且绘成了图谱，难道是这"禁区"与"雷池"从此就被打破了？
第一次尸体解剖是在庆历年间(公元1041?048年)，由画工宋景绘成《欧希范五脏图》。
第二次是崇宁年间(公元1102?106年)，也由画工绘成图，经医生杨介整理校对，著成《存真图》一卷。
这两幅图的原件都没有能流传下来，但《存真图》的图谱被元代孙焕的《重刊玄门脉诀内照图》录用而保存了下来，多少还能让后人有些幸运感。
从当时的记载来看，解剖是成功的，记载的内容是基本正确的，所存的图虽然疏略粗糙，但价值依然极高，因为这毕竟是中国现存最早的*解剖图著。
可从此以后，*解剖又在中国销声匿迹了。于是，不由人们要探究宋代解剖的*究竟是什么人。
幸好在文献中有据可查，才使后人不致永远被蒙在鼓中。第一次被解剖的，图名中写得很明白，姓名是欧希范。欧希范是何许人呢？原来他本是广西的一位农民起义领袖，被统治者诱杀后，又被剖腹刳肠(参见郑景壁《剧读录》)。第二次被解剖的，人名已经无从可知了，但也可能是一位农民起义者(杨介《存真图》自序。皆录自《中国医籍考》)。
由此可知，宋代的解剖实在是偶尔为之的特殊例子，"禁区"与"雷池"并没有被打破，一切依然如旧。
然而，正因为如此，宋代的两次解剖，在中国传统的医学史上具有特殊的重要价值。
三、金、元四大家
这一时期，临床医学蓬蓬勃勃地发展起来，名医与流派层出不穷。达到这一时期最高水平的、最负盛名的，则是著名的"金、元四大家"。
"金、元四大家"，即刘完素、张从正、李杲、朱震亨。他们的共同特点是：既恪守《内经》、《伤寒》的传统体系，又各有所创新，形成各自的风格。
1.刘完素
刘完素(公元1110?200？年)字守真，河北河间人，人称"刘河间"。
刘完素一生嗜好医学，不愿为官，坚持在民间行医。由于他医德高尚，医技精良，深得民众欢迎。他一生医著甚多，有《素问要旨》、《宣明论方》、《素问玄机原病式》、《素问病机气宜保命集》、《素问药证》、《伤寒直格》、《医方精要》、《三消论》等。其中《素问病机气宜保命集》与《三消论》两书，后人疑为托名之作。
《素问要旨》，主要论述五运六气。《素问玄机原病式》是将《素问·至真要大论》的"病机十九条"加以引申、发挥，从而确立他的火热立论的主张。《宣明论方》也是在于阐发他的运气之理。《伤寒直格》是将致病机理中的寒、热二症加以区分，并继续主张他的热病之长。
总的来看，刘完素在运气学说上颇有发展，强调运气的"常"与"变"应该辩证相待。在致病机理上，对火、热的因素更有心得，治疗也以寒凉药物的运用为长，故有"寒凉派"之称。
2.张从正
张从正(1156?228)字子和，自称"戴人"，睢州考城(今河南兰考)人。兴定中(公元1217?222年)曾任太医，但不久即辞去，亦在民间从医。
张从正的著作较少，今存仅《儒门事亲》一书。
《儒门事亲》15卷，由零散的10种著作合成，为后人所编。前3卷是原本《儒门事亲》，张从正原著。其余部分是他对学生麻知几、常仲明等"讲求医里"的实录，由麻氏等编辑成书。
除前3卷《儒门事亲》外，其余卷4?为《直言治病百法》，卷6～8为《十形三疗》，卷9为《杂记九门》，卷10为《撮要图》，卷11为《治病杂论》，卷12为《三法六门》，卷13为《治法心要》，卷15为《世传神效名方》，另有《三复指迷》1卷，文已佚失。又，《撮要图》后附有《扁鹊华佗察声色定生死诀》与《病机》，在《治病杂论》后附有《河间先生三消论》，最后附有《太医先生辞世诗》5首。
张从正的医学思想沿着刘完素的思路而又有所发展，他赞从刘完素一直信仰的"六气致病"说，把各种疾病的主要致病因素归于六淫的邪气入侵，在治病原则上很自然地以"攻邪"为主，补养为次，在具体治疗手段上也就以汗、吐、下这三法为主，甚至认为攻就是补，于是得了"攻下派"的称呼。
张从正的医学风格十分鲜明，三法的运用有独到之处，但他的"速攻"之策颇招致异议，因此对他的评价往往赞扬与批评兼而有之。
3.李杲
李杲(1180?251)字明之，晚年自号东垣老人，河北真定(今河北正定)人。
李杲出身于"赀富乡里"的财主之家，因母病死于庸医而立志学医，拜张元素为师，学成后名在其师之上。
李杲的医学著作有《内外伤辨惑论》、《兰室秘藏》、《脾胃论》、《医学发明》、《用药法象》等。
李杲的行医特点非常鲜明，他的医学思想集中在脾胃诊治上，他以传统的五行理论"脾胃为土"棗土为万物之母，脾胃为生化之源为基础，建立起他的理论：(一)元气为人生之本，脾胃为元气之源；(二)脾胃之气必须升降有序，序乱则致病；(三)火为元气之贼，治则以"甘温除热"为主。
李杲这一思想，是与"外感"论相反的学说，因此他力主内补除病。他的这种偏重于内的倾向，也在获得好评的同时招致了某些批评。
4.朱震亨
朱震亨(公元1281?358年)字彦修，义乌(浙江义乌)人，人称丹溪翁。
朱震亨学初宗文，后因母病、师病而改学医，44岁始师从刘完素再传弟子罗知悌。学成后，又深研《内经》、张仲景、张从正、李杲等学说，参以《易经》太极之理，作"相火"与"阳有余、阴不足"之论，名声始传于四方。
朱震亨的著作有《格致余论》、《局方发挥》、《伤寒辨疑》、《本草衍义补遗》、《外科精要新论》等，以《格致余论》与《局方发挥》最为著名。
朱震亨最著名的思想就是"相火"与"阳有余，阴不足"理论。
"相火"论的要点为：(一)人有居火(心火)与相火(在肝肾、膀胱、三焦、心包、胆)。(二)相火主动，所以能生生不息。(三)相火为元气之贼。
"阳有余，阴不足"论的要点为：(一)天地、人身都是"阳有余，阴不足"。(二)相火易动，故阴易泄，故阳更有余而阴更不足。
朱氏的这一思想，是刘完素火热说的新发展，因此他的医术强调滋阴降火，并创制了"越鞠丸"、"大补阴丸"、"琼玉膏"等养阴膏丸，从而得到了"滋阴派"(或称"养阴派")之名。