中国民主同盟中央委员会在全国政协十一届三次会议上提交提案指出：推行农村合作医疗制度，总体上讲进展较为顺利，但在具体执行过程中仍面临着农民积极性不高，基层干部信心不足、管理松弛以及筹资难等问题。进而建议，尽快建立经费统筹保障机制，解决经费“三分开”现状并且解决强化监督、增强透明度的问题，以完善农村合作医疗筹资体系。
提案说，由于历史原因，一部分农民群众认为合作医疗工作已几起几落，这次旧话重提必定又是走过场。此外，地方政府医疗配套资金难以一步到位，医疗治病报销难以兑现，也进一步影响了农民群众参加医保的积极性。
同时，有的基层干部认为，大部分农民实际收入水平不高，除省以外的市县乡三级财政较为困难，筹集资金困难重重，合作医疗难以为继；有的基层干部认为合作医疗是主管部门的事，故而把责任推给卫生部门；也有的认为合作医疗是“软指标”，可以等一等、看一看；还有的片面强调群众自愿，放弃组织领导责任，“自愿”变为“自流”。
提案特别强调，由于乡卫生部门既是合作医疗和医疗机构的主管部门，又要直接参与合作医疗的筹资工作，导致筹钱、管钱、用钱三项应分立的工作由同一个部门负责，既缺乏有效的制约监督机制，也难以形成科学完善的运行机制。此外，地方财政本就紧张，寅吃卯粮的财政无暇顾及太多，除支付“吃饭”财政外，可用财力极少，这类情况尤其以县乡财政更为突出。
对此，提案建议：
首先，尽快建立经费统筹保障机制。包括：(1)将新型农村合作医疗制度的建立纳入各级政府管理目标，纳入干部岗位职责考核内容，与评先评优相挂钩，以此强化基层党政干部的责任意识，保障和促进此项工作的稳步开展。(2)保证各级政府的扶持引导资金及时足额到位，坚决杜绝财政“空转”的失信现象。(3)运用利益机制促进筹资工作，从实际出发，授权各级政府制定灵活的激励操作办法，对主动交、提早交、全家交的农户可给予适当奖励，对以村为单位、以乡为单位的参保对象也应随着参保率的提高而给予一定的优惠补助政策，对五保户、特困户个人应支付的经费可由政府、集体代交；还可通过相关的税收政策鼓励集体、个人等捐助合作医疗资金，充分发挥政府组织、引导、支持的职能作用和政策激励的调节作用，扩大合作医疗资金来源。(4)建立全覆盖农村新型合作医疗以及大病救助机制，让社会分担大病、重病一部分巨额费用，以缓解农村困难户的压力。
其次，解决统筹经费“三分开”。各级政府在组建合作医疗办公室时，应充分考虑人数、编制、经费三大问题，健全完善的运行体系，实行筹钱、管钱、用钱的分离和有效监管，即在政府负责筹资、医疗机构提供医疗服务的同时，在尊重农民意愿、不增加成本的前提下，可根据本地的实际情况，采取灵活多样的运行体系，如可由乡镇财政作为管钱单位，定期拨付，据实批报，也可由政府委托专业保险机构管钱，按章批报，据实支付。
最后解决强化监督、增强透明度的问题，核心是建立多层次、全方位、广覆盖的监督管理网络。其中最重要的是建立向地方人大报告制度，以此接受广大群众的监督管理，避免计划经济时期合作医疗重办轻管、重建设轻服务的情况再现。